1937年4月,日本侵華勢急。七七全面抗戰前夕,方東美應國民政府教育部之邀,通過南京首都中央廣播電臺,向全國大中學生“傾心談論中國人生哲學”,希望以中華文化的偉大精神來鼓舞全國青年,與日寇作生死搏斗。方東美一共做了八次演講,每次二十分鐘,連續一個多禮拜。講稿隨即由中央廣播月刊刊布,并于同年由商務印書館結集出版,題名《中國人生哲學概要》,免費分贈全國中學生。在方東美的八次講演中,他追懷中國先哲,疾呼:“他們(中國先哲)遭遇民族的大難,總是要發揮偉大深厚的思想,培養博沈雄的情緒,促我們振作精神,努力提高品德;他們抵死為我們推敲生命意義,確定生命價值,使我們在天壤間腳跟站立得住。”方東美的慷慨呼聲,對于抗日戰爭時期振奮民心,鼓舞青年熱愛國家、民族和中華文化精神,有著極大的影響。
1937年9月,日寇攻陷南京,侵占了方東美的寓所。方東美的藏書和他的博士論文原稿毀于戰火,殘存典籍被日寇以斤兩論,賤賣于人。在這之前,他在《生命情調與美感》基礎上寫成的書稿也在寄往上海書局刊印時,因滬淞會戰爆發而盡成灰燼。多年積潛用功的文字,一朝灰飛煙滅,方東美欲哭無淚,唯有唏噓而已。
1937年10月,方東美隨中央大學遷居四川重慶沙坪壩嘉陵江畔,居住在中央大學教職員宿舍的樂家院。“方圓人自為規矩,堅白誰能辨異同”,方東美為“泥墻陋屋”的新家取名曰“堅白精舍”,以表其國難當頭、不改初衷的心愿。
抗戰八年,舉國上下同仇敵愾。方東美飽嘗憂患,備歷艱苦,與國家共危難。方東美的幼女天煦在遷往重慶的途中病故,他在《蜀中夢亡女天煦》中沉痛寫到:“筆架山前春寂寞,嬌癡稚女獨眠愔?;ㄩg應有鵑聲亂,為報愁親慘淡新。”日寇侵華對中國人民造成的苦難,方東美可謂感同身受。本著“此心安處即成家”的泰然,方東美平日除上課外,多隱居重慶鄉間農舍,在附近破廟中借讀佛經,入夜則寫詩抒憤??芍^生活越苦,研讀愈勤,詩情愈濃。
八年的重慶生活,在方東美的學術生涯中,無疑是一個十分重要的時期。當時中央大學的哲學系物質條件簡陋,只有一間小辦公室和一間地板經?;蔚慕淌?,另外還有一個長廊用來擺放各種藏書,算是資料室。但就是在這樣的條件下,方東美陶養了自己研究中西哲學的博大心境。
抗戰勝利后,1945年秋,方東美返回南京,仍在中央大學任哲學教授、哲學系主任,直至遷居臺北?;氐侥暇┖?,方東美再次讓中大的師生見識到什么叫“怒美”。那時許多人都有 “以勝利者回到淪陷區”的心理,紛紛指責留在南京和上海的偽中央大學的學生是日本的順民。方東美先生聽了極其憤慨,怒斥道:“當撤退時,你無飛機、無輪船可坐、無火車可乘,所以才留下來,在淪陷區便深受日本人的蹂躪。我們在后方每逢遇到日本飛機來空襲,我們并不懸念自己的安全。因為我們在后方,不管貴州也好,云南也好,都有安全的地洞可躲轟炸。表面看來好像很危險,其實我們卻很安全。但是我們在防空洞里面所懸念的就是南京大屠殺以后,連帶了在各淪陷區里面留下來的同胞在遭受日本人的蹂躪。所以我們怎么能忍心叫他們‘偽民’!他們在淪陷區里面為民族苦撐而忍受這一種災難。天下只有偽政府、偽幣制,哪有偽人民,偽學生的!”
方東美返回南京,寓于寧海路第宅。其時,新進諸人如許永璋、陳孝候、卞孝萱多以論著求教,每與論學忘倦。直至1948年方東美赴臺,接長臺大哲學系及研究所,方東美才離開了于他有近30年情緣的南京大學。